История

На территории района издавна существовали поселения балтов, славян и финно-угров. Известны древние городища на вершинах холмов, а также свайные поселения на озёрах. По озёрам и рекам проходили древние и средневековые торговые пути (с юга на север). В средневековье на территории района существовали города Жижец (совр. д. Залучье) на Жижицком озере и Клин (ныне деревня). Предполагается, что у Жижеца в 1245 году Александр Невский разбил литовцев. В XIV веке южный край Куньинского района принадлежал Великому княжества Литовскому, а северная и центральная части — русскому Торопецкому княжеству (а впоследствии — Московии).В течение долгого времени территория района была пограничной, что сформировало значительные этнические отличия между «русскими» северной и центральной частями района и югом района, коренные жители которого до середины XX века говорили на языке, близком к северным диалектам белорусского.

C 1772 года территория района целиком вошла в российское государство, однако оказалось разделённой уже административно (между губерниями и областями).Территория района (кроме южной его части) вошла в Псковскую губернию.

1 августа 1927 года посёлок Кунья стал районным центром Великолукского округа Ленинградской области, однако тогдашняя территория района не включала Усмынский район Псковского округа Ленинградской области.

С 1929 года район в составе Западной области с центром в Смоленске, а с 29 января 1935 года в составеКалининской области 

В августе 1941 года район был оккупирован. Освобождён в конце января 1942 в результате Торопецко-Холмской операции. Затем долгое время был прифротновой территорией; в районе располагались военные госпитали.

В 1944 года вошёл в состав Великолукской области, а после её ликвидации в 1957 году — в состав Псковской области.

Лишь в 1959 году, после упразднения Усмынского района, Куньинский район обрёл нынешние границы.

22 декабря 1962 года был включён в состав Великолукского сельскохозяйственного района в связи с всесоюзным укрупнением в сельскохозяйственные и промышленные районы, но после отмены укрупнения 14 января 1965 года Куньинский район вновь образован в составе Псковской области.